С версии 9.1 ngcc не ходит сам по подпапкам. Поэтому ему нужно передавать source (сейчас не вспомню как именно называется опция, в help можно посмотреть)
Раньше оно работало немного иначе и ходило по подпапкам, но потом они это поведение изменили и можно добавить конфиг для ngcc, где указать все entry points, которые нужно перекомпилировать.