Запрещая работу на руте, придется бороться с другими проблемами. Во первых - больше необходимость ковырять приложение с целью избавления от проверки (а ведь в процессе этого анализа можно ещё что найти интересное)
Во вторых тьма фейков и малвари, которое будет мимикрировать под приложение, которое работает на руте