Дистрибутив делается для пользователя со средней температурой по больнице :) поэтому ему не надо удалять kde5-big. Если вы перешли на новый уровень сложности, то уже в состоянии сами проконтролировать что удаляется. Простой пользователь даже про autoremove не знает. Раньше вообще autoremove не было, и проблем не было :) Опытный пользователь может и apt-mark использовать.
Мы (дистрибутивостроители) должны либо избегать метапакетов, либо маркировать непосредственные зависимости метапакетов, как установленные вручную. Это наша ответственность, я считаю. Элементарная защита от дурака быть должна.