1 Зависимости, если они не определились автоматически, прописываются в спеке в Requires:
2 Файл можно опакетить, назначив нужные права
3. запустить установочный скрипт можно в %post, но почему нельзя опакетить то, что должно быть после установки, чтобы не запускать установочный скрипт?