Есть разница! Правда точнее разница не из-за протокола, а из-за особенностей его реализации. WireGuard полностью в ядре! И он может себе позволить быть в ядре, потому что весь WireGuard менее 4000 строк кода. В эти 4000 строк входит собственная реализация криптографии, ибо, ЕМНИП, WireGuard не пользуется криптографическими примитивами ядра. OpenVPN по сути весь в userspace. На обычном домашнем роутере с процессором mips с частотой, скажем 680 Mhz, OpenVPN работает со скоростью 6 Mbit/sec, а WireGuard со скоростью около 65-70 Mbit/sec. Вот такая вот разница в протоколе и его реализации, которая делает OpenVPN абсолютно непригодным к какому-либо серьёзному использованию на домашнем роутере.
Fewer lines of code
A little more research gave me some insight into why Torvalds might have been so uncharacteristically positive. WireGuard weighs in at around 4,000 lines of code; this compares to 600,000 total lines of code for OpenVPN + OpenSSL or 400,000 total lines of code for XFRM+StrongSwan for an IPSEC VPN. Two orders of magnitude fewer lines of code mean a lot less attack surface to find flaws in.
https://arstechnica.com/gadgets/2018/08/wireguard-vpn-review-fast-connections-amaze-but-windows-support-needs-to-happen/