Ты про saas? Я видел 2 варианта реализации, 1 - добавяем companyId, userId ко всем таблицам. 2 - tenant per database.
У каждого есть свои минусы:
1 - могут протечь данные и content security может стать проблемой
2 - поддержка фреймворков для кучи datasource, масштабирование/ресурсы