Я тут подумал, а что если в локалраннере сделать слои для дебаг отрисовки, то есть вместо Debug.Draw(line) писалось бы Debug.Draw(line, 1) и тогда можно было бы в ЛР клавишей 1 включать/выключать отрисовку соответствующего слоя. Сделать например 9 слоев и клавиши 1-9 для toggle, а также клавиша 0, которая покажет/спрячет всё. Чтоб не ломать обратную совместимость можно сделать по умолчанию Debug.Draw(line) рисует в нулевой слой.