Все, кажется понял.
Все что
system.run это RemoteCommands (так как что-то исполняется удаленно), а "system.hostname" (к примеру) которую мы запускаем с Zabbix сервера на Zabbix агенте - Active Check, верно?
Но и для того и для того нужно наличие "EnableRemoteCommands=1" верно?