Тут смесь гражданского права и уголовного:
1) Авторское право на ПО возникло независимо от ГК. До 2008 оно регулировалось законом об авторском праве, с 2008 — 4 частью ГК. Рамблер предполгает, что авторское право все это время принадлежало ему.
2) Следовательно, нарушение со стороны Сысоева длится до сих пор, срок давности привлечения к уголовной ответственности тут не применяется.
3) Три года — срок исковой давности по гражданским делам, не по уголовным.
Там много процессуальных моментов, без документов проанализировать позицию Рамблера не получится, но в целом видится так.