Раз все равно нет идей (я кстати не пользуюсь эклипс, поэтому более грамотного решения предложить не могу) - то попробуйте в коде, вывести переменные окружения, так же, отдельно, посмотрите где находится node?
теперь переменные окружения во время работы приложения. В них нужно посмотреть есть ли в PATH - Ваш путь, в котором nodejs. Раз он ругается что не может найти node исполняемый файл.
Если не будет, попробуйте этот пусть задать насильно. Если поможет - то дальше уже копать, почему автоматом не подцепляется (раз доктор говорит что нашелся nodejs)