Лилия, я сам пока что не тимлид, по предложению RM'а пока только развиваюсь в эту сторону, но разрешите дам совет как человек, который уже около 8 лет в промышленной разработке.
Не надо, слышите, не надо задумывать систему как "убийцу" чего-то! Microsoft задумывала Silverlight как убийцу стандартного Web'а, стандартной верстки и где Silverlight сейчас? Думаю, у MS явно денег для развития своего продукта было больше чем у Вас, но не взлетело.
Поэтому я бы порекомендовал Вам не делать никаких "убийц"\замен JIRA, а создать на первом этапе ее аналог, но с хорошей кодовой базой, а потом уже смотреть дальше.