Думаю хак был через локальную ноду, ведь она проверяет уникальность пассфразы, значит с чем-то сравнивает, вот наверное нашли место, где эти эталоны лежат.
Тем более странно, что при создании сети не учитывалось, что при работе по словарю могут быть совпадения, даже с учётом огромного количества вариантов, ведь софт который генерит фразу должен знать, какие фразы уже были сформированы и не выдавать их повторно... Наверное эту историю фраз и нашёл хакер.