В начале 1949 года на Совете НТС в качестве «отправной методической идеи» организации была принята «молекулярная теория», разработанная В. Д. Поремским. Согласно этой теории, в тоталитарном государстве возможно создание мощной оппозиционной организации, отдельные ячейки которой («молекула»), руководствуясь общими целями, действовали бы в одном направлении. При этом горизонтальные связи между «молекулами» не предполагались. Руководящую и координирующую роль, объединяющую ячейки и организации, должен был взять на себя зарубежный центр.