Самое важное: прокси также выполняет роль backup target.
Получается, даже без proxy affinity для бэкапа выбирается та proxy, которая является storage target.
Коротко:
Site A. Cluster A —> Storage A <— Veeam proxy+repo A —> Backup Storage A
Site B. Cluster B —> Storage B <— Veeam proxy+repo B —> Backup Storage B
Выбираю в задании ВМ из обоих site-ов, ставлю Repo A. И все ВМ бэкапятся Veeam proxy+repo A. Часть по SAN, другая по NBD.