В свое время тестировал дедуп от Нетбэкапа.
Новая установка, чистый пул дедупликации.
Первый проход - бэкап вм целиком.
Второй проход - бэкап директивой all_local_drives изнутри агентом.
Не помню результат первого прохода, но агентский бэкап показал эффективность дедупа - 99%.
Так что либо изменения реально серьезные с момента смены схемы бэкапа выше, либо действительно у Вима алгоритмы сжатия отличаются в разных случаях.