Самопал будет хуже однозначно, жизненный путь криптоалгоритма сложен, а помимо качества самого алгоритма важен и протокол его использования. Возьмём ГОСТ 28147-89, там не только сам алгоритм криптопреобразования, но и 4 режима его использования приведены, каждый из режимов предназначен для вполне конкретного применения. И это мы ещё реализации не коснулись, хранение ключей и т.д.