ну ты сам напишешь софт, который обратится к нужному IP-ядру внутри ПЛИС, запишет сигналы, вычитает их оттуда из памяти, а потом отобразит тебе все красивенько на экране?
насколько мне известно, у альтеры свой софт - SignalTap, у Xilinx - ChipScope, у Lattice - Reveal и они хоть и похожи но устроены и работают по разному.
JTAG то может и унифицирован но только для ограниченного спектра задач все остальное сведётся к чтению определенных регистров и записи в них, и вот после этого этапа унификация закончится потому что у всех будет свой набор регистров итд