Сначала предлагаю всё таки написать код 1с согласно итс, а потом уже копать дальше

возможно. Но одному из пользователей (@Zakiss) например это помогло решить проблему с его конфигурацией. И с его слов:
"у меня база на постгре щас быстрее работает чем на MS при меньшем в 2 раза выделеных ресурсах"

По крайне мере после исправления сборки от ПГпро стали выбирать такой же индекс как и ванильный ПГ, а также перестали терять правильный индекс после вакууума (в т.ч. автовакуума).
Проблема планировщика конечно осталась (её не так просто решить как оказалось), но в целом проблему удалось решить).
А в данном случае - наверное да, сначала сделать по рекомендациям - а если не помогло, то лезть в запросы/индексы

Я не 1с программист, но мне кажется эта обработка штатная.

Просто цены анализирует в номенклатуре

А что помогло то? Новая версия пгпро?

Тут как вариант можно попробовать использовать hintplan и заставлять планировщик в этом запросе игнорировать или менять определённые настройки пг, если тестами подтверждается что их изменение помогает в этом случае

Ну и совсем глупый вопрос - регламенты то над базой выполняются? Автоваакуум включён и настроен?

hintplan это вроде дополнительное расширение, если не ошибаюсь. В штатном вроде его нет