Вот. Для начала нужен повод. Если в ФНС усмотрели уже что вариант дробления бизнеса виден, то только после этого и запрашивают. А ковровыми бомбардировками никто не занимается.
самый верный способ - на каждую организацию заключите договор интернета и взаимодействуйте с налоговыми банками и везде где вы однознгачно идентифицируйтесь через свой канал.
1с-отчетность ходит в интернет с сервера. если в базе живет несколько организаций - корректно их не развести.