На коммутатор я бы лаг сделал. Но аплинки по возможности лучше в роутер напрямик
Если бы можно было точно знать, что твой линк идёт в роутер аплинка напрямую, то ещё был бы смысл. Но ведь ваш линк к аплинку наверняка воткнут в коммутатор у аплинка. А значит возможна веселуха на L2. Так почему бы тоже не воткнуть аплинка у себя в свич настроив на порту защиту от всякой L2 хрени?