Не знаю, все ли знают, но HDF5 файл - это скорее "контейнер", в котором можно создавать списки и их метаданные, в виде дерева. То есть можно записать в HDF5 как построчные данные, по колонкам, или гибридно, как в Parquet. Но в итоге не каждая библиотека читает HDF5 файл другой библиотеки - потому что не обязательно даже знает названия списков из метаданных.