да, это проблема, спрашивал в разных местах, говорят есть скрипты какие то, которые удаляют это пустое место, другие говорят что надо в tar.gz, третьи говорят что там можно с гпартедом пошаманить, отделить этот раздел с файлами, а потом его через dd бэкапить, но я ничего из этого не пробовал, я просто нашел флешки на 1 и 2 Гб, и собственно делал с них образы