Знаешь короче че щас нарыл. Ты популэйт не можешь заюзать без какой-то коллекции собранной уже. Ну короче можешь сделать так:
collection.populate(collection.aggregate(…), options);
А так как тебе нужно только по ожному какому-то полю искать, то сделай лукап только на него
короче до сегодняшнего дня я добавлял какое-нибудь property nested object в его парент при создании... и уже по нему в дальнейшем работал... но если обновят child object то видимо надо будет делать updateMany для всех его родителей которые используют его...