Я подозреваю, что вот те ваши махинации с rsync не прошли даром. Как минимум в монге2 был кривоватый инитскрипт, у нас нагруженная до конца база не останавливалась по stop и в результате создавался (кривой) бэкап по ненормально остановленному серверу. Если ваши рсинки были сделаны подобным образом, вполне можно было получить битую структуру данных, на которую вот и нарвались при репликации всей БД.