с остановкой БД может быть. Но надо уточнить как репликасет к таком отнесется, что у неё возниктет точная копия базы. С остановкой можно слепок сделать, да, но старый у вас уже устарел, он уже не сможет синхронизироваться
а точно роллбеки? ну в доке написано, что монга сама не восстанавливает более 300мб, но, видимо, она дампит в файлы всё, что по её мнению нужно роллбекнуть.