Ну в случае с IPIP понятно, что если нет IP Options в пакете, то будет 20 byte header, у L2TP сложнее, может быть вы наблюдали в PPP использование компрессии заголовка, когда PPP во время LCP phase договаривает о исключении Address и Control поля, тогда получается в случае PPP 2 byte за место 4 byte, если не забыл RFC уже, но гляну.