но если держать в альпине, то переодически вываливается

Ну так прекрасно, добавь в свой докерфайл и все

вроде проблемы с QT либами

в том то и проблема, что у альпайна проблемы с либами

репазиторий очень урезанный

Там есть зависимость от хромиума, по-моему его доставить нужно

Эт из той же оперы

Ну, из оперы "колхозили с хромиум")

Про iText еще в 2014 писал, но было очень не очень, не знаю как далеко продвинулся iText, но в целом, не считаю это лучшим решением

С ним только очень простые вещи можно сделать

Очень быстро тож им наелись

Тру

Бытует мнение, что сторонние зависимости (приложения), которые нужно дергать через Runtime -- плохая практика.

Я так не считаю

Для PDF лично я взял бы уже упомянутый wkhtmltopdf, если бы мне пришлось конвертировать видео, ffmpeg и не стал бы городить велосипедов

Философский вопрос )
Пока решает задачу - хорошо. Но если при этом усложняет жизнь разработчикам - плохо.
Проблема в том, что сторонние зависимости в виде приложений, которые физически должны быть развернуты на машине разработчика, не всегда очевидны.
Выход: документация. Но она не всегда есть

Ну такое...
Для меня выбор абсолютно очевиден. Но это мои личные ощущения. А зависимость -- Слава Богу, есть докер. Да, без Докера -- поди помни что там ставить на сервер нужно, это может быть опасно с точки зрения развертывания.
Но если есть докерфайл, контейнер, то и документация по этому вопросу не нужна. Хотя, документация никогда не бывает лишней, но с контейнером это становится безопасно. И протестировать можно и доставить можно как положено.
Короче, контейнера решают.

Ну можно на самом деле сделать минимальную обвязку и запустить отдельным сервисом, слать ему хтмл на генерацию и пусть куда-то складирует и отправляет статус

Не всегда оправдано для этого сервис выделять

когда утекает много памяти - убивать и стартовать снова