В файлах пакетов с программами есть указание, должен ли быть у них линк из какого-нибудь меню, и если да, то из какого. При монтировании пакета линк появляется на нужном месте.
Поскольку системная часть файловой системы защищена от записи, пользователь на меню повлиять не может. Но может сделать своё альтернативное рядом, — это и есть "Изменить меню".