под винду был какойто еще админ повер пак или типо того, от майкрософта, там консольного утиля было на все случаи, я болванки писал спокойно из консоли в винде
btw, ты можешь в тотже vbox прокинуть флешку как винт и исошник как сидюк, и поставить на всю флешку целиком уже нормальную систему, которая потом спокойно будет работать, ну только под ефи там скорее всего придется поколдовать
я вот вообще подумал, что мешает просто взять, по своему разбить флешку, насыпать ефишный хлам просто так, на befs накинуть образ раздела из исошки и ресайзнуть его