А когда я через cd запускался, то какой драйвер система подхватывала?
У меня была аналогичная проблема - при загрузке с флешки подтягивались разные разрешения, а после установки на винт (тоже загрузка через груб, тоже была морока, решилась при помощи хелпа с сайта Гайки и научного тыка) - осталось только 1024х768. Но у меня ещё и переходник на моник стоял. после смены видеокарточки на Радеон и устранения переходника появились все разрешения.