tldr нет, надо скачивать.
Если у вас файл лежит в облаке и есть возможность подключить диск по Webdav, то формально можно провести операцию "в облаке". Но фактически ffmpeg скачает оба файла и за качает новый.
Ну либо если у вас есть прямой терминальный доступ к серверу, то можно на сервер поставить ffmpeg и всё сделать там.