Уже который месяц бьюсь, сегодня переставил на последнюю "пробную" версию с аппсторрент. Библиотека (она меньше гига) - видео с телефона avc1 и нарезка,скачанная с ютюба (тоже avc1). Тупит дико.
Разные файлы закодированы по-разному. Что-то более оптимизировано, что-то - нет. Поэтому для всех файлов h264/265/etc рекомендуют делать Optimized Media, чтобы не страдать.
Настройки то есть частота кадров таймлини должны совпадать! И проверь на всякий случай скорость работы диска! Если не поможет посчитай через что то другое, например Медиа энкодер