При создании мультикамерного клипа аудио и видео синхронизируется.
Вам прийдется сперва создать мультикамерный клип. Если вам не нужно стабилизировать весь клип, а только его фрагмент — вы сперва смонтируете мультикамеру, а потом сделает так как советовал вам Ярослав — фрагмент клипа необходимый для стабилизации найти в эвент браузере, поместить его на таймлинию в тоже место, поверх мультиками и стабилизировать. Примерно как тут показано, только сейчас сделали удобней и зайдя в мультикам плейхед будет на том же тайминге клипа, что и снаружи.
https://youtu.be/xJMM-J6F7KkИли использовать стороний плагин
https://youtu.be/i76wpJTfxz8