Поддержка exFAT имеется в Windows XP с Service Pack 2 и 3 с обновлением KB955704, Windows Vista с Service Pack 1[6], Windows Server 2008, Windows 7, Windows 8, Windows 10, в Mac OS X начиная с версии 10.6.5[7], а также Linux (требуется компиляция исходного кода Samsung).
Существует свободный драйвер exFAT в виде патча для ядра Linux, поддерживающий только чтение этой файловой системы[8]. Также существует драйвер, работающий через FUSE, в том числе для ОС FreeBSD и OpenBSD (sysutils/fuse-exfat). Данный драйвер поддерживает как чтение, так и запись[9]. Кроме того, в августе 2013 года Samsung опубликовала драйвер для ядра Linux под лицензией GPL[10].