Я вот сам вчера огрёб неожиданную проблему. Верстал журнал для своего "Пушкинского Дома". В одной статье были затекстовые комменты. В индиз я их всегда импорчу как статический текст. Ещё с тех пор, когда он не умел динамическое, такая привычка.
В общем, статью сделал, отправил редактору, -- всё нормально. Пошёл верстать дальше. Потом была правка. В этой статье её не было, только в комментах. А вчера вдруг выясняется, что ВСЕ знаки сноски внутри публикации пропали. Комменты на месте, а к чему они, непонятно. Журнал уже напечатали.