Какой-нибудь древней игре оконный режим или запуск на дополнительном мониторе, или ещё какой конфиг пофиксить таким способом — самое то. Но я бы сделал так: добавляем в импорты целевого приложения свою длл, она грузится, а там уже можно извращаться как угодно. Может быть, и программу не придётся запускать, всё из длл делать.