Чудеса какие. Ну окей, я могу представить, что целевое приложение ловило исключения, ресольвило адрес в длл и злобно хихикая, её выгружало. Очень невероятный сценарий, потому что это бессмысленно и заодно непонятно, куда потом возвращаться из обработчика исключения. А скорее всего, никаких чудес не было, и ты сам себе делал FreeLibrary
по какой-то причине, просто забыл.