мне видется ситуация в ином:
1. система загрузилась успешно
2. появилась потребность изменить флаги у раздела
3. parted потребовал, что раздел efi должен быть размонтирован
4. раздел efi размонтировали, поменяли флаги
5. обратно не примонтировали, запустили pacman -Syu
6. ребут и ядро видит, что оно новее, чем initramfs