Хотя как правило чудес не бывает, обычно где-то что-то проглядел.
Для начала я бы посмотрел доки Apache, в каких местах конфига допустимо использовать директивы ErrorLog и CustomLog (потому что я, например, не помню).
Потом проверил бы все конфиги apache и какие директивы ErrorLog/CustomLog там написаны.
Потом убедился бы, что он точно был перезапущен (что pid после перезапуска изменился. например)