я тебе написал команду по удалению всех флатпаков выше(вроде не ошибся ). напиши, когда осилишь. доказательством будет пустой flatpak list и освобожденное на диске место
я понимаю так, что нужно делать теперь в обратном порядке. вытаскиваем приложения из флетпака, после уже его самого