не актуально - интересно, Arch стоит на 2-х дисках, один ноут, один на USB HD, Manjaro как- ну не знаю -флешка для аварий. После обновления Arch слетела загрузка Manjaro из меню Arch? Arch грузится и на hd и на на hd usb, при зарузке Manjaro -
Обычно достаточно перезаписать файлы пакманом, если у тебя конфликты с pip. Или ещё лучше - ручками удалить из pip и потом установить пакманом без перезаписи