ну смотри,
вариант 1: создавать х сессию на новые коннекты, и тогда при каждом подключении будет как будто снуля все
вариант 2: x0vncserver позволяет тебе стартануть x сессию, а потом по рдп подключиться к существующей (т.е. как в виндовом рдп сейчас)