Имхо, разрабатывать ПО, которое будет работать под Linux на сервере, нужно под ним же. Ну или хотя бы под системой, которая Unix-based и нормально умеет в права на уровне FS и имена файлов регистрозависимые. А то начинается потом - приходит от виндового разработчика коммит, выкатываешь и получаешь Permission denied на каком-нибудь исполняемом скрипте