насколько я знаю, 1С может меть файловую базу или сидеть на субд. в файловом режиме вам скорее всего будет сложно что-то прочитать, а как организовано хранение данных в субд — к сожалению не видел (если в субд такие же таблицы, как и регистры в 1С, то можно и прочитать)
но выше направление задали правильное — можно в 1С сделать регламеное задание на выгрузку данных в какой-то простенький файлик и уже его читать из R (можно тоже по расписанию)