Селениум уже давно подразумевает вебдрайвер. А вебдрайвер - это штука, которая может управлять браузером. Делает она это в основном через инджектнутый на каждую открываемую страницу javascript, а так же через api браузера. Запускает/ закрывает через ос. Мы посылаем вебдрайверу команды а он уже в свою очередь управляет браузером.
нет, на страницу Selenium ничего не инджектит, в run loop управляемого приложения не привносится ничего лишнего
да, некоторые команды Selenium реализованы на JS, но выполняется он не в контексте страницы, а в "привилегированном режиме", примерно там же, где выполняется код аддонов (которые тоже на JS пишутся)
более подробно про принципы работы инструментов и про то, что с чем как и по какому протоколу взаимодействует — вот тут я рассказывал https://www.youtube.com/watch?v=xbyEtjs-Gh8