Ну а отказ от феникса походу вообще не имеет смысла - он сейчас даже структуру проекта не задаёт, в отличие от рельсы - если не использовать вьюхи конечно, т.е. Для АПИ
Вот так он у нас и используется, подключили Phoenix - как библиотеку, воткнули в дерево супервизора, написали роутер - в общем всё без скафолдинга. Его можно так в любое приложение интегрировать.