Надо гуглить, как это конфигурить, но если честно на этом этапе проще уж будет сразу руками индекс собрать, поделить на куски и для каждого куска рсинк запустить параллельно.
В нгинксе location / {root /path/to/files/ ; autoindex on;} На клиенте wget -r http://server/ и там задать количество потоков по ману