СПФС пока уступает SWIFT по функциональности. Она запрещает перевод средств за рубеж, не позволяет отправлять массовые реестры в составе одного сообщения, имеет достаточно жёсткие требования по безопасности. Подключиться к СПФС не могут финансовые организации стран СНГ, хотя именно на эти страны у российских банков приходятся значительные объёмы трафика[12]. По этим причинам многие пользователи СПФС рассматривают её как резервный канал, не прекращая работу и со SWIFT