там можно своим DeploymentController управлять процессом,в том числе и решать когда начинать деплоить следующий. у TargetGroup можно еще выставить slow_start.duration_seconds чтобы оно трафик медленно наливало.
Ну а вообще по-хорошему хелс чек не должен отдаваться пока контейнер полностью не готов.
Вопрос не в том когда деплоить следующий. Вопрос как сделать так чтобы он ждал готовности приложения в контейнере. Slow start это не то, это уже про трафик, после регистрации таргета